随着个体化医学的发展和"精准医学"概念的提出,肿瘤靶向治疗发展迅速,临床研究逐渐发现并证实更多与靶向治疗相关的基因突变。

                                                      肿瘤靶向治疗依赖于基因突变检测,传统的基因突变检测方法,如Sanger测序、焦磷酸测序和实时荧光PCR等通常对单个基因或者单个基因的部分外显子的突变进行检测,如果对多个基因进行检测,需要更多的样本量、更长的检测时间以及更大的工作量。而新一代测序技术(NGS)采用大规模平行测序(MPS),能够同时对上百万甚至数十亿个DNA片段进行测序,因此可实现在较低的成本下,一次对多至上百个肿瘤相关基因、全外显子以及全基因组进行检测,而且需要的样本量并不增加。因其在通量、成本和效率方面的优势,高通量测序在肿瘤靶向治疗基因突变检测展现了其广阔的应用前景。


                                                      一、检测基因选择的一般原则


                                                      肿瘤靶向治疗,是药物作用于肿瘤细胞特异性的靶点,例如与信号通路有关的受体、激酶以及其他蛋白,从而特异性杀伤或抑制肿瘤细胞。而基因的突变导致编码蛋白的结构和功能发生改变,从而对靶向治疗的应答效果不同。

                                                      目前,临床实验室往往困惑的是选择检测哪些基因?美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)认为,对于疾病相关的多基因检测,没有临床意义的基因不能纳入到检测当中[1]。但在实际应用中,有无临床意义该如何界定?除国内外指南中明确的基因外,处于临床试验阶段的、文献报道的、甚至广义上的信号通路中明确的驱动基因是否是有临床意义的呢?


                                                      二、LDTs的建立和性能评价


                                                      我国以往临床实验室大多使用CFDA批准的试剂,临床实验室很少使用LDTs。因此,很多实验室对LDTs的概念比较模糊,通常认为只有实验室自己建立的检测方法属于LDTs。实际上LDTs有3种情况:(1)实验室通过购买试剂原材料,如引物、探针、扩增缓冲液、酶等,进行片段化、文库建立、测序并建立生物信息学分析系统。(2)未经CFDA批准的商品试剂盒。即试剂、生物信息学分析完全采用商品化试剂,但试剂没有经过CFDA批准。(3)实验室使用CFDA批准的商品试剂盒,但是对其中的组分或操作进行改变。由于CFDA尚未批准相关试剂,目前我国肿瘤NGS检测LDTs只有前两种情况。

                                                      1.LDTs的建立:

                                                      目前国内使用的NGS仪器平台主要为Illumina Hiseq和Thermo Fisher Ion PGM为代表的测序仪,使用的基因富集方法有杂交捕获和多重PCR。几乎所有实验室都采用肿瘤相关的多基因检测,全外显子组测序或全基因组测序的临床应用很少。

                                                      2.LDTs的性能评价:

                                                      实验室往往困惑的是,肿瘤NGS检测的基因和突变位点非常多,而且由于流程复杂、检测成本高等问题,如何对每个检测基因进行性能评价?肿瘤NGS性能评价需包括哪些性能指标?这些性能指标在肿瘤NGS中代表什么含义?如何评价?性能评价最低应当使用多少样本?


                                                      三、质量保证


                                                      1.室内质量控制和室间质量评价:

                                                      采用已知阴性和弱阳性质控品进行室内质量控制(IQC)是保证检测质量的关键环节,其监控的是实验室测定的最重要的性能指标即重复性,并决定了当批实验测定是否有效,报告能否发出,是对实验室测定的即时性评价。

                                                      2.结果报告和解释:

                                                      建议报告检测范围,即所有可检测的基因。报告中要清晰地说明所有阳性结果,推荐使用人类基因组变异学会(HGVS)的标准格式来报告基因突变。



                                                    本文原载于中华医学杂志2015年38期3081-3084页(节。



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